Ученые обнаружили загадочно скрытый "ген в гене" SARS-CoV-2

12.11.2020 6:23

Ученые обнаружили загадочно скрытый

Исследователи обнаружили загадочный ген в генетическом коде коронавируса SARS-CoV-2 - сегмент, практически скрытый от глаз в геноме вируса и до сих пор в значительной степени упускаемый из виду.

Недавно идентифицированный ген, названный ORF3d, является примером того, что называется перекрывающимся геном : своего рода "ген в гене'', который эффективно скрывается в цепочке нуклеотидов из-за того, что он перекрывает закодированные последовательности других генов.

"С точки зрения размера генома SARS-CoV-2 и его родственники являются одними из самых длинных существующих РНК- вирусов" , - объясняет биоинформатик Чейз Нельсон из Американского музея естественной истории. "Таким образом, они, возможно, более подвержены "геномному обману", чем другие РНК-вирусы".

На самом деле вирусы весьма склонны к тому, что у них перекрываются гены, так что это не совсем шокирующее открытие. Еще неизвестно, действительно ли ORF3d представляет собой геномный обман, но в любом случае это определенно сложно увидеть.

Перекрывающиеся гены сложно идентифицировать в генетических последовательностях, поскольку системы геномного сканирования часто могут пропускать их при просмотре строк генетического кода: они запрограммированы на выбор отдельных генов, но не обязательно видят общие инструкции, общие для нуклеотидов соседних генов в последовательности.

В контексте таких вирусов, как SARS-CoV-2, это может создать серьезную слепую зону. Ученые с начала этого года стремятся понять как можно больше об этом разрушительном вирусе, и хотя некоторые аспекты его генетической структуры были выяснены (в том числе твердое мнение о том, что он не был "сделан в лаборатории"), многое остается то, чего мы просто еще не знаем.

"Отсутствие перекрывающихся генов подвергает нас опасности упустить из виду важные аспекты вирусной биологии", - говорит Нельсон. "Перекрывающиеся гены могут быть одним из арсенала способов, которыми коронавирусы эволюционировали для эффективной репликации, подрыва иммунитета хозяина или передачи самих себя".

Что касается ORF3d , еще многое предстоит узнать о том, почему он существует, скрывается в геноме и перекрывает другие гены.

Просканировав геномные базы данных, исследователи обнаружили, что ген был идентифицирован ранее, но только в одном варианте коронавируса, поражающем ящеров (обнаружен в Гуанси, Китай).

Ранее он также был ошибочно классифицирован как неродственный ген ORF3b, который присутствует в других коронавирусах, включая SARS-CoV, но на самом деле это не одно и то же.

"Эти два гена не связаны и кодируют совершенно разные белки", - говорит Нельсон. "Это означает, что знания о SARS-CoV ORF3b не следует применять к ORF3d SARS-CoV-2".

Единственное, что мы знаем о загадочном гене, основываясь на предыдущем анализе крови пациентов с COVID-19 , - это то, что ORF3d действительно вызывает сильный ответ антител.

Что касается того, будут ли запускаться Т-клетки - или какие еще вирусные цели может иметь перекрывающаяся ORF3d - мы все еще в неведении. Это могло быть относительно мягко. Может и не быть.

"Мы еще не знаем его функции и клинического значения", - говорит Нельсон.

"Но мы прогнозируем, что этот ген относительно маловероятно обнаружен с помощью Т-клеточного ответа, в отличие от ответа антител. И, возможно, это как-то связано с тем, как ген смог возникнуть".

Одно можно сказать наверняка. Для вируса, который имеет всего около 15 известных генов, открытие еще одного - не говоря уже о перекрывающемся гене - является значительным достижением. Насколько важно, теперь попытаются выяснить ученые.

Результаты сообщаются в eLife.

Напомним, ранее сообщалось, что ученые назвали коллективный иммунитет от COVID-19 заблуждением.

Источник

Редакция: | Карта сайта: XML | HTML | SM
2013-2020 © "МехКорпс — роботы и киборги". Все права защищены.